1.不管是公司还是个体户都是要进行工商年报的，如果没有按时进行工商年报，则会被有关部门列入经营异常名录，严重的还会被吊销企业营业执照。如果经营异常满3年还未移出，还会被列入严重违法失信企业名单。
2.如果公司有营业额，但在税务部门没有完税凭证，有欠缴的应缴税款，则会产生滞纳金，如果是个体每月交了定额税，则不存在这个问题。此外就是银行专用账户问题，如果有在银行开立公司专户的，不注销很有可能对法人的信用评级产生影响，不仅如此，对以后货款买车、买房或办理出国移民，也会有一定的影响。
法律依据
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》
第三十三条 市场主体未发生债权债务或者已将债权债务清偿完结，未发生或者已结清清偿费用、职工工资、社会保险费用、法定补偿金、应缴纳税款(滞纳金、罚款)，并由全体投资人书面承诺对上述情况的真实性承担法律责任的，可以按照简易程序办理注销登记。
市场主体应当将承诺书及注销登记申请通过国家企业信用信息公示系统公示，公示期为20日。在公示期内无相关部门、债权人及其他利害关系人提出异议的，市场主体可以于公示期届满之日起20日内向登记机关申请注销登记。
个体工商户按照简易程序办理注销登记的，无需公示，由登记机关将个体工商户的注销登记申请推送至税务等有关部门，有关部门在10日内没有提出异议的，可以直接办理注销登记。
市场主体注销依法须经批准的，或者市场主体被吊销营业执照、责令关闭、撤销，或者被列入经营异常名录的，不适用简易注销程序。
